学校始建于1960年，名称为内蒙古财经学院。1962年改建为内蒙古财贸干部进修学院，1965年改为内蒙古财贸学校。1979年恢复本科招生，1980年经国务院批准复建内蒙古财经学院。2000年学院与内蒙古经济管理干部学院合并成立新的内蒙古财经学院。2005年取得硕士学位授予权。2006年内蒙古财税职业学院、内蒙古工商行政管理学校并入学院。2012年经教育部批准，学院更名为内蒙古财经大学。学校是一所以本科和研究生教育为主、同时承担高等职业教育、继续教育培养任务，以经济学、管理学为主，理学、法学、文学、工学协调发展，具有鲜明财经特色的多科性应用研究型财经大学。

作为我国民族地区高等财经教育的开创者、实践者和探索者，学校始终坚持为党育人、为国育才，坚持扎根边疆、服务西部，大力培养忠诚党的事业、具备国际视野、富有家国情怀、投身财经实践的杰出人才，为自治区乃至全国培养了大量各级各类人才，他们已经成为自治区财政、审计、金融、税务、工商企业等系统中的骨干与中坚力量，积极服务自治区“两个屏障”“两个基地”和“一个桥头堡”建设，为社会发展、边疆稳定、民族团结做出了重要贡献。